马连洼街道成立于2000年3月30日。2002年，辖区面积5.5平方千米，户籍人口4.2万人，外来人口3.2万人。2002年年初，街道正式接管了“撤村并街”的肖家河村。本年经海淀区政府批准建立万柳地区办事处，将原树村划给万柳办事处，12月接收京密引水渠以西原由东北旺乡管理的黑山扈自然村。马连洼街道办事处原设17个社区，经过合并、转制和转出，辖14个社区。办事处驻菊园小区内东居物业北楼及联万庄宾馆3-4层，邮编100094。 马连洼街道2005年，西北旺镇百草园地区、百旺新城地区划归马连洼街道管辖。调整后新范围：东至软件园西路—东北旺西路—原马连洼街道东部分界线，南至北五环路中心线，西至京密引水渠—西北旺新村西路，北至西北旺环路—后厂村路。