系统具有自动控制、手动控制和机械应急操作三种控制启动方式。
1自动控制方式:
当防护区长期无人值班或很少有人出入时，应将火灾报警控制器上的控制方式选择键置于“自动”位置，同时将防护区门外的手动自动转换开关置于“自动”状态。此时控制系统处于自动工作状态，当防护区发生火灾时，气体灭火系统自动完成防护区内的火灾报测、报警联动控制及喷气灭火整个过程。防护区内的单一探测回路探测火灾信号后，控制盘启动设在该防护区内的警铃。同时向FAS系统提供火灾预报警信号。同一防护区内的两个回路都探测到火灾信号后，控制盘启动设在该防护区域内外的声光报警器，经过30秒延时后，火灾报警控制器输出24V直流电，启动灭火系统。灭火剂经管网释放到防护区，控制面板喷放指示灯亮，同时报警控制器接收压力讯号器反馈信号，开启防护区内门灯，避免人员进入，直至确认火灾已经扑灭。
设置于防护区门外的手动自动转换开关应具有较强的抗冲击能力，且应采取有效防止误操作的措施。在系统处于自动工作状态下，当报警系统误报警进入延时时间时，手动自动转换开关应能停止系统喷放灭火药剂。
2手动控制方式
当防护区经常有人工作时且有人值班的情况下，为了防止系统误动作，应将火灾报警控制器上的控制方式选择键置于“手动”位置，并将防护区门外的手动自动转换开关置于“手动”状态。此时系统处于手动控制状态。当防护区发生火灾时，火灾探测器将探测到的火灾信号输送给控制器，控制器立即发出声、光报警信号，同时发出联动信号，但不会输出启动灭火系统信号，此时需要经值班人员确认火灾后，按下控制器上相对应防护区的紧急启动按钮，即可按预先设定的程序启动灭火系统，释放七氟丙烷气体进行灭火。这种手动控制，实际上还是通过电气方式的手动控制。手动启动后，系统将不经过延时而被直接启动，释放灭火剂。
3应急机械手动控制方式
在发现火灾后，系统自动、手动两种启动方式均失灵的情况下，可在储瓶间内实行应急机械手动控制方式，人为开启启动装置，进行灭火。应急机械手动操作实际上是机械方式的操作，此时可通过操作设在钢瓶间的气体钢瓶瓶头阀上的手动按钮来开启整个气体灭火系统。手动按钮上应挂有明显防护标志，防止人员误操作。